扁桃腺切除術也是會有一些副作用， 包括：手術後疼痛或出血， 術後噁心感與嘔吐， 術後無法進食， 聲音改變等等。 因此， 衡量孩子因為疾病折騰所承受的痛苦， 必須遠高於手術本身帶來的痛苦， 這樣去切除扁桃腺才有意義。 這裡必須提醒天下父母心， 我們要衡量的是孩子的感受， 而不是爸爸媽媽的感受；有時候孩子本身覺得疾病本身沒什麼不舒服， 反而是爸爸媽嗎緊張兮兮的， 這時心態就要調整一下。
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兒童切除扁桃腺的時機如下：
1.反覆扁桃腺發炎的次數， 若過去一年不到七次， 或連續兩年每年不到五次， 或連續三年每年不到三次， 就都可以再等等， 不用割除。
2.如果超過上述的頻率， 而且每一次扁桃腺發炎都有發燒超過38.3°C， 或有頸部淋巴結腫大， 或者扁桃腺化膿， 或者都是A型鏈球菌感染， 只要其中符合一項， 就可以考慮切除扁桃腺。
3.如果頻率有達到標準，
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4.至於扁桃腺腫脹到產生睡眠呼吸中止症的孩子， 切除前醫師必須先評估睡眠中止的嚴重度， 包括睡眠檢查， 白天有無嗜睡， 注意力不集中， 過動， 生長遲緩， 學業成績不良， 夜尿等等症狀。
5.如果經過醫師評估有上述問題， 則應接受扁桃腺切除術， 但是切除後並不代表睡眠呼吸中止症就完全不會發生。
從上面的準則可以看出， 大部分兒童都不符合扁桃腺切除術的標準， 根據專家經驗，