膽道閉鎖與新生兒肝炎二者早期臨床表現及體征相近， 皆表現有黃疸、肝腫大， 故兩者鑒別比較困難。 但是二者有兩種截然不同的臨床病變發展過程， 並有截然不同的治療方法――
前者只能通過早期外科手術， 方有可能獲得膽汁引流， 可望獲得生存希望；而後者則通過內科藥物治療多能獲得治癒。
因此， 臨床上對膽道閉鎖早期診斷並與新生兒肝炎作出鑒別， 尤為重要。 臨床上， 需結合病史、查體、實驗室及影像學等資料進行綜合分析， 方可作出正確判斷。
病史及體征
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1、 肝炎男嬰較女嬰多， 而膽道閉鎖女嬰較男嬰為多。
2、 黃疸在肝炎時一般較輕， 並有波動性改變， 或藥物治療有明顯減輕的情況;而膽道閉鎖黃疽呈持續性加重， 白陶土色糞便。
3、 肝炎時肝腫大較膽道閉鎖為輕， 一般很少超過右季肋下4cm;膽道閉鎖肝腫大明顯， 質硬邊鈍， 常伴有脾腫大。
實驗室檢查
a.血清膽紅素動態檢測：肝炎隨治療病情發展血清膽紅素濃度曲線逐漸下降， 而膽道閉鎖隨病情發展血清膽紅素濃度曲線則呈持續性升高。 但當重型淤膽性肝炎時亦可表現血清膽紅素濃度曲線 持續上升， 此時鑒別有困難。
b.低密度血漿脂蛋白-X(Lp-X)測定：在膽道閉鎖時， 膽汁在肝內淤滯， 血清Lp-X則明顯升高;新生兒肝炎早期呈陰性。
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c.膽酸定量測定：膽道閉鎖早期較新生兒肝炎血清中膽酸明顯增高， 動態檢測更有鑒別診斷意義。
d.檢測十二指腸引流液中的膽紅素量。
影像學檢查及其他
a.B超：首選的無創傷檢查， 並可重複動態檢測觀察。 在新生兒肝炎時其肝內外膽管呈正常管腔大小開放圖像。 在膽道閉鎖時肝外膽道不能探出或呈線形條索狀。 膽囊不顯影或呈痕跡癟小膽囊影像， 肝常常增大並伴有脾腫大。
b.99mTC-IDA：閃爍法排泄試驗。 在膽道閉鎖早期， 肝細胞功能尚接近正常， 注射放射性藥物後， 連續動態觀察5分鐘後可見肝臟顯影， 但以後見不到膽管顯影， 24小時內皆無排人腸管的影像。 而新生兒肝炎雖然肝細胞功能較差，
