化腦預後好壞與是否早期明確病原菌， 選擇恰當的抗生素進行治療密切相關。 經腦脊液檢查初步確診後， 應儘快由靜脈給予適當、足量的抗生素， 以殺菌藥物為佳， 並根據病情按計劃完成全部療程， 不可減少藥物劑量與改變給藥方法。
始終不能明確病原菌者， 多由於診斷未明時曾不恰當使用抗生素所致。 如在流腦流行季節， 年長兒童一般應先考慮系腦膜炎雙球菌所致， 如有瘀點、瘀斑則更可疑。 可先用青黴素、氨苄青黴素、磺胺治療， 再根據反應高速用藥。
病原菌未確定的散發病例， 尤其嬰幼兒，
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治療效果滿意時， 體溫多於3天左右下降， 症狀減輕， 腦脊液細菌消失， 細胞數明顯減少， 其它生化指標亦有相應好轉， 此時可繼用原來藥物治療， 二周後再複查腦脊液。 如治療反應欠佳， 需及時腰穿複查， 觀察腦脊液改變， 以確定所用藥物是否恰當， 再酌情調整治療方案。
鑒於化腦是一嚴重中樞神經系統感染， 其預後與治療密切相關， 故應嚴格掌握停藥指征， 即在完成療程時症狀消失、退熱一周以上， 腦脊液細胞數數少於20×106/L， 均為單核細胞， 蛋白及糖量恢復正常(流腦停藥指征見另章節)。
